发菌期间为了预防污染，在培养室用杀菌药物进行熏蒸，这种情况主要在袋栽食用菌工厂，或者一些菌包厂，或者菇农，在瓶栽食用菌工厂很少出现。
感染食用菌的杂菌，和食用菌都属于菌类，药物熏蒸能够对杂菌有抑制作用，自然也会对食用菌产生抑制作用，只是食用菌的菌丝抗性更强，菌丝不会被杀死，但是食用菌的菌丝会受到药物的刺激，活性下降，甚至产生一些未知的影响。
特别是液体菌种，接种前期，如果培养室进行药物熏蒸，对液体菌种的萌发会有一定的影响。
当然，很多人没有注意到发菌期间药物对菌丝的不良影响，是因为药物的种类和使用的剂量有一定的区别，使用的剂量大，产生的影响就可能大一些。
发菌期间药物熏蒸对菌丝的影响，并不是一定能够表现出来的，也没有科研单位和个人对此进行过系统的研究，但是我们从理论上分析这样做是错误的，是一定会对菌丝造成影响。因此，我们应该避免在培养期间采用药物熏蒸的方法处理环境。
培养室应该在使用前一段时间进行彻底的清洗和消毒，在进行大量的换风干燥，菌包进入后给菌丝创造最合适的温度、湿度、和通风，让菌丝在最快的时间生长，最大程度的避免因环境导致的污染。
关于培养室通风，食用菌和绿色植物相反，是吸收氧气，呼出二氧化碳，培养期间的通风格外的重要了，实际上，适当的通风是防治污染重要手段之一，用室外新鲜的空气来置换培养室污浊的空气，室外的空气远比室内的空气干净得多，效果远比用药物熏蒸好得多。
今天，再次提到了药物的使用，记得2015年，到一个瓶栽金针菇工厂，在办公室门口，有一辆货车在卸货，一看是满满一车的药物，据说这只是几个月的用量，菇行天下以前五年也没有用到这么多的药物。
菇行天下再次强调：药物是无法解决污染问题的，了解食用菌生产污染的原因，针对原因做好每一个环节，才是解决污染问题的根本。
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