在食用菌生产中，因为灭菌不彻底或者因为菌种导致的污染，相对来说比较容易判断。但是，因为环境导致的污染就比较难判断了，这是因为因为环境导致的污染是在多个环节出现的，主要是出锅环境、冷却环境、接种环境、和培养环境。
下面就从以上4个环节进行分析，注意，菇行天下是从食用菌工厂化的角度进行分析的，非工厂化生产形式多样、条件不一无法进行统一的分析，但是可以参考对工厂化生产环境污染的分析。
一、出锅环境导致的污染
1、污染过程
从灭菌锅压力归0，回气阀从外向内开始回气开始，到打开锅门，到菌包进入冷却室之前，这个过程如果环境不好，导致的污染都属于出锅环境导致的污染。
2、污染表现
一般都是霉菌污染，污染的部位在菌包袋口料面，以及菌包孔内壁，如果比较严重在接种后一两天就可以表现出来，也可能被菌丝覆盖后在菌丝下面“偷偷”生长，在培养中期才在菌包外面观察到，很多人会误认为是培养环境导致的污染。
3、解决办法
避免灭菌锅产生负压；检查出锅间的净化系统；做好出锅间的环境卫生和消毒；及时出锅、避免闷锅；菌包采用具有良好过滤功能的盖子。
二、冷却环境导致的污染
1、污染过程
从菌包进入冷却室开始，整个菌包冷却降温的过程，直到菌包接种前。
2、污染表现
污染表现和因为出锅环境导致的污染几乎一样，但是因为菌包在冷却室的时间更长，一旦出现污染通常会更加严重。
有一点和出锅导致污染不同，因为冷却过程导致的污染，很可能是细菌污染，特别是采用液体菌种的生产中。
注意：出锅和冷却环境不好，如果同时菌包微孔较多，会出现在在微孔部位的感染，通常是霉菌污染。
3、解决办法
降温速度一定要快；冷却室做好净化和环境消毒；菌包进入冷却室之前做好卫生清理和环境消毒；降温过程可以结合药物、臭氧、紫外线消毒。
三、接种环境导致的污染
1、污染过程
污染发生在接种线，打开盖子，接入菌种的过程中。也就是杂菌进入是在接种层流罩的下面。在因为环境导致污染中，因为接种环境导致的污染实际并不多。
2、污染表现
因为接种环境导致的污染通常是霉菌，大多数情况是在菌包料面出现。
3、解决办法
检查接种室净化系统；检查接种层流罩的高效过滤器；做好接种室环境卫生和消毒。
四、培养环境导致的污染
1、污染过程
培养导致污染的过程最长，前面的出锅、冷却、接种是时间点，培养过程是时间段，整个的培养过程都可能会导致污染，但大不部分因为培养环境导致的污染，发生在菌丝覆盖料面之前。
2、污染表现
培养过程环境导致的污染，通常是在菌包料面，极少数也会在孔里，通常也都是霉菌污染。如果菌包微孔较多，也会在微孔部位出现污染。
3、解决办法
尽量要有前期培养室；做好培养室硬件设施，比如墙壁、地面、新风过滤等；绝对避免高温养菌；做好培养室的日常保洁，保证地面没有明显灰尘。
总结一下，在食用菌生产中，因为环境导致污染大多数出现在料面、孔内，大多数是霉菌污染，重点是做好卫生保持和环境消毒。
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