现在人们已经认识到了常吃食用菌的好处，食用菌是最健康、最安全的食品，这是食用菌行业赖以生存和发展的基础，在保证食用菌产品本身健康、绿色的同时，不要忽视食用菌生产过程中的环保问题，不能生产的是绿色、健康的产品，却污染了环境。
在可以使用燃煤锅炉的地区，蒸汽锅炉的排放要达到国家规定的排放标准，特别是10吨以下的小型锅炉，有条件的工厂要使用燃油、燃气或者生物质蒸汽锅炉。对于非工厂化的一些品种，都是分散式灭菌，灭菌的尾气都是直接排放，对环境造成污染，这一点目前还没有办法解决和控制，长期看，随着集中生产菌包和合作社的增加将得到有效的缓解。
食用菌采收后的菌袋不要随意丢弃，这一点对于食用菌工厂化企业大多可以做到，但是对于香菇、黑木耳这样的分散式栽培的品种就不是很容易做到了，在这些品种的主要产区，栽培季节结束后，废弃的菌包堆积在田间地头、房前屋后，还有的将废弃的菌包倾倒入河中，或者是被河水冲走，造成了环境污染，特别是不能降解的菌袋。
主要产区的菌包处理需要相关部门重视起来，建立规范的菌包处理机制，在不增加菇农负担的情况下，处理好废弃菌包，同时用废弃菌包生产草腐菌或者有机肥等，也能带来一定的经济效益。
在工厂化食用菌企业，采收后的菌包一般都能够重新利用，但是很多企业处理的方法不正确，首先是菌包在工厂生产线很近的距离内处理，而且处理不及时，容易引起二次污染，导致厂区环境恶化，不但污染环境，而且会是新生产的菌包污染率增加。
如果我们一边说食用菌是最健康、最绿色的食品，一边在生产食用菌的时候，我们又造成了环境污染，那么，整个食用菌产业就是失败的产业。
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