瓶栽食用菌主要的品种是：金针菇、杏鲍菇、蟹味菇、白玉菇、海鲜菇、鹿茸菇等，这些品种中以金针菇的栽培规模最大，瓶栽金针菇、瓶栽杏鲍菇目前几乎全部采用的是液体菌种，其他品种有固体菌种，也有液体菌种，本文论述的采用液体菌种的瓶栽食用菌如何降低染菌率，固体菌种将在以后论述。
1、接种漏接引起的染菌
染菌表现：在初期培养结束，移库时可以观察到个别栽培瓶没有菌丝生长，有规律性和连续性，通常在一个固定的位置，但是规律性因漏接的数量和不同接种机接种后混合而不容易发现，漏接的栽培瓶在后期培养时通常会表现为霉菌感染，在搔菌去盖后会看到表面或孔内有霉菌感染，一般不表现为细菌感染。
染菌原因：接种枪头、管道、电磁阀堵塞，接种机故障，接种工人操作等导致的个别栽培瓶完全没有接入菌种。
解决措施：先从硬件着手，更换容易堵塞的接种枪头、管道、电磁阀等，加强设备维护，减少接种机因故障停机维修的次数。
2、接种量不合适引起的染菌
染菌表现：接种后，料面菌丝恢复的同时，在没有喷洒到菌种的料面开始出现细菌或者霉菌感染，培养后期，在栽培瓶底部出现类似积水引起的细菌感染。
染菌原因：前者，是因为接种量过小而导致液体菌种喷洒不均而间接性引起。后者，是因为接种量过大而导致的培养基底部积水而引起的。杂菌无论是前者还是后者都是在培养室侵入的，但原因都是接种。
解决措施：对每一个接种枪头的接种量进行监控，确保接种量符合要求，通过调整枪头、接种压力和时间，将接种量的误差尽量的控制在允许范围内。
3、接种喷洒不均引起的染菌
染菌表现：接种后48小时后观察料面，发现料面局部没有萌发，没有萌发的料面进而逐渐感染霉菌，一般为青霉居多，有时也会是绿霉和毛霉。
染菌原因：因接种枪头的高度，接种压力，喷洒的开度不合理等原因导致液体菌种喷洒不均，没有覆盖到整个料面，对于培养室环境较差的情况，孔内没有液体菌种流入也会引起相同的染菌现象。
解决措施：挑选更换合适的接种枪头，调整接种压力，让喷洒开度足以覆盖到整个料面，加强接种工人的管理，让他们意识到不只是监测接种量，还有更为重要的接种效果。
4、接种环境引起的染菌
染菌表现：在培养中期开始在瓶壁或者料面出现细菌或者霉菌感染，无规律性，和培养环境引起的染菌很难区分，一般通过数量和位置上进行判断区分，培养室环境引起的感染数量要多于接种环境引起的染菌，而且培养室引起的染菌通常在培养室的位置上有一定的规律性。
染菌原因：接种室环境、接种层流罩环境不合格。
解决措施：从两方面着手，一是硬件上，更换接种室和层流罩的高效过滤器，二是加强卫生清理工作，同时辅助臭氧、药物、紫外线灯等措施，定期进行环境检测，确保接种室环境符合要求。
5、接种枪头不洁引起的染菌
染菌表现：接种后，在初期培养结束，移库的时候，观察到有个别的栽培瓶出现细菌感染，有规律性，连续性不明显，位置固定在一筐的某一个位置。
染菌原因：因接种枪头、电磁阀堵塞而进行处理之后，对接种头的消毒处理不到位，进而引起染菌。
解决措施：尽量减少接种枪头、电磁阀堵塞，以及接种机异常故障停机、维修的情况，出现后对接种枪头的消毒处理要彻底。
在瓶栽食用菌生产中，因接种环节引起的染菌在整体染菌数量占有一定的比例，首先要在条件允许的情况下力图从设备上解决上述问题，进行再在管理上尽量避免类似问题的出现。
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