培养是食用菌生产中的一个时间段，而灭菌、接种等环节是时间点，培养的时间更长，影响的范围更广，当培养出现问题就会覆盖整个的培养室，如果是较大的培养室，影响就更大了。
食用菌的培养阶段，就是菌丝生长的过程，在菌丝的生长过程中有以下几方面会引起污染：
1、温度高
十几年前菇行天下就经历过一次培养室因制冷机组故障导致温度失控，在温度高于27℃的一周时间里，这间大培养室大规模爆发红色链孢霉，几十万的白灵菇菌包所剩无几，直到今天，满库房红色链孢霉的情景仍旧可以浮现在脑海中。
为什么温度会引起杂菌爆发？
首先是菌丝在过高的温度下生长活力下降，菌丝对杂菌的抗性也随之下降，而温度过高恰恰会提高大多数杂菌的活跃度，一弱一强，染菌也就在所难免了。
2、湿度大
俗话说：一潮生百病，绝大多数容易感染食用菌的杂菌都喜欢潮湿的环境，潮湿的环境更有利于杂菌孢子的萌发。
3、通风不良
很多人对于通风的理解只是局限在菌丝对氧气的需求，通风对于空气置换，维持培养室空气清新度也非常重要。人为的食用菌生产会导致培养室空气中杂菌系数超过正常空气的水平，如果长时间通风不良就会导致杂菌系数无限增加，染菌的几率随之增加。
4、卫生环境差
如论是袋栽，还是瓶栽，食用菌生产者都希望将培养基和外界空气隔离开来，比如棉塞、无纺布、海绵等，但实际上都做不到绝对的隔离，菌丝生长离不开氧气，氧气能够进入到菌袋的内部，杂菌就也能够进入，只是进入的多与少的问题，培养环境越差，空气中的杂菌系数就越高，伴随氧气进入的杂菌就会越多，染菌就随之出现。
以上这四点同时出现两点以上，就容易出现大规模染菌，这四点又互相影响，比如温度会引起湿度大，温度高也会引起通风不良，因此培养期间的染菌主要是控制培养室的环境因素。
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