在食用菌生产中污染是不可能完全避免的，最重要的当然是找到污染的根本原因和解决办法，尽快的将污染率控制到正常范围以内。
在解决污染问题的时候，污染料的处理是最为食用菌生产者头痛的一件事。
如果污染的数量比较少，直接扔掉，或者烧掉就行。
如果污染的数量比较多，就不好处理了，从技术的角度说，并不建议重新利用这些污染的培养料，而实际生产中如果不重新利用并没有什么好的方法，甚至丢弃都没有地方，即使丢弃了，环保也会找上门来。
而且，这些污染料中含有很多的营养，丢弃了的确十分可惜。大多数的企业也不舍得直接丢弃，都尝试重新利用这些污染料，但是能够将这些污染料重新用好的并不多，菇行天下总结出以下三点原则。
原则一：尽量不要重新利用污染料。
如果污染的数量比较少，建议直接丢弃或者焚烧，如果污染的数量较多，尽量选择和出菇的废料一起出售给有机肥厂、生物质颗粒厂等，这样可以尽快处理好厂区环境卫生，为彻底解决污染提供条件。
原则二：可以在污染料中加入新料，不要在新料中加入污染料。
在污染料中加入10-30%的新料，整体以污染为主，这样有利于菌丝生长和出菇，如果在利用污染的过程中出现问题，也不至于出现较大损失，毕竟污染料重新利用有一定的技术难度和不确定性。
反之，在新料中加入10-30%的污染料则存在较大的风险，一旦出现问题，70%的新料都损失殆尽，有点一条鱼腥一锅汤的意思，所以菇行天下不建议在新料中加入污染料。
原则三：无论怎么利用污染料，都只能使用固体菌种。
无论是用哪一种方式利用污染料，都只能使用固体菌种，不能使用液体菌种，这是不可违背的原则。
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