严格意义上说，配方和染菌是没有关系的，本文所指的是：因配方的不合理导致的间接性染菌。
配方有两个重要指标：一是配方的营养构成，二是配方的物理构成，两者不合理不会引起直接染菌，而是因为配方的物理构成和营养构成导致不能为菌丝生长提供最合适的生长条件，甚至导致菌丝在恶劣环境中生长，菌丝生长处于劣势，生长缓慢，纤弱，杂菌乘虚而入。
合理的营养构成原则是：既要满足菌丝和子实体生长的营养需求，又不能营养过于丰富，营养过于丰富的配方容易引起染菌，特别是非工厂化的栽培方式。
培养基的含水量和pH值是配方的重要部分，因为要根据目标含水量和pH值来确定和调整原材料的比例，含水量过高，或者是培养基含水能力差，都会增加细菌感染的机会。
对于pH值，要以菌丝生长的最合适pH值进行调节，单纯的依靠提高pH值的方法抑制杂菌侵染是不可取的，过高的pH值反而使菌丝在不良的环境下生长，生长速度的质量都会下降，反而容易引起污染。
配方直接决定了培养基的物理构成，主要包括透气性、含水性、液体菌种的渗透性等因素，这一点需要充分的了解每一种原材料的特性，进而调整比例，以使培养基的物理结构达到最佳状态。
大多数食用菌栽培者重视配方是因为配方和产量的关系，而忽略了配方不合适导致的间接性染菌，希望本文能够引起朋友们的重视。
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