灭菌是食用菌生产中至关重要的一个环节，这一点即使是刚接触食用菌的朋友也会知道，但是还是有很多朋友因为灭菌环节出现问题而导致严重的污染，问题就在于对食用菌灭菌的原理掌握不够，忽略了灭菌过程中一些细节，导致出现灭菌不彻底。
1、冷空气
食用菌生产中的灭菌是湿热灭菌，是利用饱和水蒸汽进行灭菌，如果冷空气没有排净，那么灭菌锅内就不是饱和水蒸汽，此时灭菌锅内的压力和温度就不是我们已知的对应关系，只有饱和水蒸汽温度和压力才有已知的对应关系，因此，灭菌的前提就是排净冷空气，需要强调的是，不只是高压灭菌需要排净冷空气，常压灭菌同样也需要。
2、蒸汽的质量
饱和蒸汽有四个重要的指标：干净度、干燥度、纯度、压力/温度的稳定性，这四点除了最后的压力/温度的稳定性很容易理解，前面三个就有一点专业性了，感性兴趣的朋友可以百度一下，大部分的食用菌工厂对于蒸汽只是关注压力的高低，而忽略了干净度、干燥度、纯度，这几点主要取决于整个蒸汽系统的设计和安装，而不是简单地看着压力够了，能出蒸汽就行。
3、传感器校正
食用菌工厂化的灭菌锅有多个压力及温度传感器，这些传感器在运行一段时间之后不可避免的会出现误差及灵敏度下降，这就需要定期的对压力和温度传感器进行校正，当修正值过大时就应该及时的更换，大多数企业自己用简易的方法进行校正，效果不好，菇行天下建议联系传感器的生产厂家，返厂校正。
4、设备维护
真空泵、气动阀、疏水阀、密封垫等设备需要定期的进行检查和维护，这些设备出现故障的机会虽然很少，但是一旦出现所引起的后果都是非常严重的，除了这些设备之外，灭菌锅的主体、锅门也需要注意，食用菌工厂化的发展，也带动了很多食用菌灭菌器公司的出现，良莠不齐的生产商带来后果是食用菌企业的巨大损失。
5、灭菌参数
最直接的两个灭菌参数就是温度和时间，也就是影响微生物致死因素的两个重要指标，几乎所有的食用菌工厂的灭菌参数都不完全一样，每个工厂应该根据自己生产的品种、菌袋（瓶）的大小、数量、培养基含水量等因素来确定灭菌参数，灭菌温度不建议高于122℃，灭菌时间要通过具体测量菌包（瓶）内部达到灭菌温度时间来确定。
6、回气质量
灭菌结束之后，一定要有空气回流到灭菌锅内部，进而回流到菌袋（瓶）的内部，回流空气的洁净度就至关重要了，净化设备是最好的，也是唯一的保证回流空气质量的方法，这个环节带来的污染悄然无息，很容易被忽视，关于这部分内容请参考关于食用菌灭菌后产生负压的几个问题一文。
食用菌工厂化的重点是设备，食用菌生产的基础是灭菌，食用菌工厂化技术员对灭菌器的了解和操作极为重要了，而不是简单地去调整灭菌温度和时间，那样直接的后果是因为污染而被动的提高灭菌温度，增加灭菌时间，导致灭菌成本的增加和灭菌过度。
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