中国食用菌工厂化的主要品种金针菇和蟹味菇的菌种，长期以来一直依靠从日本进口，尽管中国瓶栽金针菇和蟹味菇在单产上已经远远超过了日本，但是在菌种方面一直没有实质性突破，以千曲化成为首的几家日本菌种公司每年从中国收取高昂的菌种使用费，这种状态在短期内仍旧无法改变。
在中国只有两家企业被公认为具有菌种选育能力，一个是金针菇领军企业雪榕生物，一个是蟹味菇领军企业上海丰科，这两家企业目前都有自己菌种研发机构，生产上在使用自己研发的菌种，但是很明显，生产企业研发的菌种是不会对外销售的，其他食用菌企业依旧要使用日本人的菌种。
中国食用菌企业对使用日本的菌种也是迫于无奈，也可以说是没有选择，对于中国的食用菌企业来说，一方面每年需要付出高昂的菌种使用费，另一方面，要承担使用日本菌种的风险，菌种掌握在别人手里，一旦菌种出现问题，后果不堪设想。
那么，我们为什么不能研发出高质量的菌种？
谁来研发？
在中国从事菌种研发的主要有：高校、科研机构、企业，高校和科研机构并不缺少菌种研发技术和设备，对于非工厂化品种尚有研发能力，也经常经常有研发成果出现。但对金针菇、蟹味菇这样的高度工厂化的品种的就显得力不从心了。
对于高度工厂化的品种，本身菌种研发的起点就很高，加上高校和科研机构不可能掌握工厂化的核心技术，没有技术，单纯的实验室研发就是空中楼阁，也就是说，高校和科研机构要想在工厂化菌种研发上取得突破，必须要建立自己的实验工厂，而且要掌握核心技术，这对于国内所有的高校和科研机构都是不可能实现的。
民办科研机构和菌种公司，更是不愿意投入大量的资金在工厂化菌种的研发上，菌种研发是需要长时间积累的工作，巨大的投入和时间成本也未必能选育出一个优良的菌种，大家更看重的是眼前的利益，可以说成是急功近利，其实这也无可厚非，中国大部分行业都是如此，相信在中国经济渡过转型期之后，类似的现象好转起来。
而大多数的食用菌企业对菌种研发并没有实质性的热情，在很多家的企业介绍中，你会看到高大的菌种研发中心，实际大多处于闲置状态，或者只适用于菌种生产。中国食用菌企业都在忙于生产、扩张、竞争，忙的焦头烂额，一塌糊涂，买日本人的菌种，是目前唯一的选择。
随着食用菌工厂化大型企业的发展，将会有更多的企业像雪榕生物和上海丰科一样，走上自主菌种研发之路。
菌种研发的障碍？
第一点障碍是育种资源有限，日本在20世纪60年代就开始了金针菇的设施化栽培，长期以来，积累了大量金针菇品种，这位日本的菌种公司提供了育种的基础，中国在短期内无法解决这一问题。
第二点障碍是知识产权问题，食用菌的菌种相比农作物的杂交种来说，更容易被复制，这是食用菌的特性决定的，因此，对于菌种的知识产权保护起来很困难，加上中国在食用菌菌种知识产权上相关法律的不健全，导致对菌种研发失去信心。
曾经作为一名基层食用菌技术员的菇行天下，深知菌种对于食用菌工厂化生产的重要性，对于长期依赖日本菌种，菇行天下也心有不甘，希望此文能够引起食用菌行业内有识之士的足够重视，在菌种研发上投入更多的资金和精力，改变中国食用菌工厂化菌种长期以来日本人的尴尬处境。
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