在中国食用菌工厂化刚开始起步的时候，生产规模较小，投入资金有限，几乎全部采用的是分体机，随着食用菌工厂规模的扩大，开始有食用菌企业采用中央空调制冷系统，现在新建的食用菌工厂都会将中央空调作为首选。
中央空调：也叫中央制冷系统，中央空调的制冷主机是大型制冷机组，通常是多个制冷机组并联，需要配备专用的大型制冷机房，现在中央空调的制冷机组大多为螺杆式制冷机组，制冷剂为氟利昂，冷凝方式为水冷，室外配有大型冷却塔，冷量通过管道输送到系统末端，食用菌工厂通常采用乙二醇水溶液做载冷剂（冷媒），制冷末端（房间）是冷风机。
分体机：分体机是指小型制冷机组，在食用菌工厂中每一个培养室或者出菇房配备一台制冷机组，通常分体机就安装在菇房的外侧。冷凝方式一般是空气冷却，分体机的冷媒是氟利昂，在菇房内冷风机的蒸发器实现换热。
中央空调相比分体机的优点：
1、便于管理和维护
大型食用菌工厂有几十甚至几百个菇房，如果采用分体机，就有同样多的制冷机组，日常维护的工作量非常大。而中央空调制冷系统的主要设备都集中在制冷机房，便于维护和管理。
2、运行成本低
中央空调早期投入较大，但是运行成本比分体空调降低30%左右，这对于微利时代食用菌行业是非常重要的，是选用中央空调的主要原因。
3、控温精准
食用菌工厂的中央空调在末端进入每个房间的进水官道上安装有精准的电动调节阀，可以精准的控制菇房温度，控制精度最小可以达到正负0.1℃，这是分体机无法相比的。
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