现在不只有大型工厂重视生产成本，小规模生产的农户也开始重视生产成本，在市场价格一样的情况下，谁的生产成本低，谁能够有利润。
1、自己制作菌种
菌种对于小规模生产来说，最高可以占到整个投入的10%以上，如果自己从母种开始，到原种，到三级种都是自己制作，不仅可以省下这10%的成本，也能保证菌种的质量。
2、因地制宜选择原材料
玉米芯、棉籽壳、木屑，这三种是食用菌栽培最常用的原材料，玉米产区玉米芯资源丰富，产棉区棉籽壳资源比较丰富，山区和林区木屑资源比较丰富，我们在设计自己生产配方的时候，要根据自己当地的资源情况，以当地的资源为主。
3、使用设备
使用拌料机、装袋机、自动接种机等设备，提高劳动效率，减少用工数量和工人劳动强度。
4、使用液体菌种
液体菌种制作周期短，从母种开始到接到栽培袋，最短只需要15天，而固体菌种则需要2个月以上的时间，不仅时间上缩短，接种效率也提高很多。
5、减少污染
食用菌生产不可避免的会碰到污染的问题，减少污染可以降低不必要的损失，小规模生产的袋栽污染率应该控制在3%以下，工厂化袋栽应该将污染率控制在1%以下，瓶栽应该将污染率控制在1‰以下。
6、提高自动化
自动插棒、自动装筐、自动扎口、自动上架等自动化设备的使用能够降低运行时的人工费用，但是初期投资会较大。
7、提高单产
提高单产，提高转化率是降低生产成本的重要手段，在相同的竞争条件下，谁的单产高，谁的成本就会低，就有竞争力。
8、减少固定资产投资
固定资产折旧占生产成本的比重也比较大，一般小规模生产在计算生产成本的时候，很少考虑固定资产折旧，但对于投资在几百万或者几千万以上的大型食用菌企业就要重视了，尽可能的将资金用到生产上，减少资金成本。
9、废料重新利用
对于工厂化生产，食用菌栽培的废料一定要重新利用，常见的是重新栽培食用菌和燃烧用于采暖或者灭菌。
10、适度增加规模
当技术成熟后，在一定的生产条件下，适当和合理的增加产量，可以快速的降低生产成本。
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