没有不出问题的食用菌工厂，重要的是及时的发现问题，及时的解决问题。
但是当问题严重到一定程度的时候，就应该当机立断进行停产整顿，停产整顿有两个好处：一是进行彻底的整改，二是避免损失扩大。
1、污染率失控，没有找到原因
当刚开始出现污染的时候，尽快分析原因，采取措施，经过一段时间后，污染率仍旧没有变化，污染的损失如果达到不可承受的程度，这时就要停产整顿了，如果是二次传染能力较强的杂菌感染，就更要尽快停产整顿。
2、菌种出现较大问题
不管是固体菌种，还是液体菌种，只要是对菌种没有把握，就要立即停产，比如固体菌种污染率较高，或者存放时间较长。比如液体菌种连续出现染菌罐，又不具备很强的检测能力，对菌种的质量不能存在侥幸心理，否则损失巨大。
3、爆发传染性出菇病害
出菇房爆发金针菇棉腐病，杏鲍菇假单假单胞杆菌等传染性极强的病理性病害，数量超过一定程度，就需要停产整顿了，否则库房无法连续性整体清洗消毒，环境继续恶化，全军覆没都是有可能的。
4、重要设备带病运行
重要设备出现隐患，不要带着故障生产，要尽快维修，如果是需要停产才能维修的就要尽快停产维修。比如蒸汽锅炉，每天都不能稳定供气，对灭菌的影响就非常大了，后果是因为蒸汽不稳定导致灭菌不彻底。
当出现上面几种情况后，菇行天下建议不要明知不可为而为之，当机立断，停产整顿。
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